金閣寺は、臨済宗相国寺派の禅寺で正式には北山鹿苑禪寺（鹿苑寺）といい、本尊は、観音菩薩（方丈本尊）です。
寺内にある内外に金箔を貼った3層の楼閣建築である舎利殿を金閣といい、この舎利殿があまりにも有名なため、これを含めた寺院全体が別称として金閣寺と呼ばれています。
北山山荘として造営される
西園寺公経の別荘（北山第）
金閣寺がある場所は、元々鎌倉時代の西園寺家の別荘でした。
時代は、1224年（元仁元年）、現在金閣寺がある場所に藤原公経（西園寺公経）が別荘「北山第」を建立したことに遡ります。
その後、これを西園寺公経の子孫でが代々所有していったのですが、1334年（建武元年）、西園寺公宗が後醍醐天皇を西園寺に招いて暗殺しようと謀略したことが発覚して処刑され、西園寺を含む西園寺家の膨大な所領と資産は没収されました。
そして、その後、北山第も次第に修理が及ばなくなり、荒れていきました。
足利義満の山荘（北山殿）
そんな北山第が金閣寺になり、有名になったのは足利義満によります。
足利義満は、1369年（正平23年・応安元年）12月30日、第3代室町幕府将軍職を継ぎます。
その後、足利義満は、1394年（応永元年）に将軍職を足利義持に譲ったのですが、以降も政治の実権は足利義満が握ったままでした。
足利義満は、1397年（応永4年）、室町幕府3代将軍足利義満が河内の領地と交換に北山第を譲り受け、そこに舎利殿（現在の金閣）を中心に極楽浄土を表すように庭園・建築物を配置したと呼ばれる山荘（北山殿）を造営します。
なお、このとき造られた北山山荘は、足利義満の私邸なのですが、当時その規模は御所に匹敵したといわれています。
そして、足利義満は、1399年（応永6年春）、足利義満が北山殿に移り住み、ここを活動の拠点としていくのですが、政治の実権を握る足利義満の拠点ですので、政治中枢の全てが北山殿に集約されていたとも言われています。
そして、足利義満により行われた明国との貿易による利による贅を尽くした造りとして、北山文化の中心地として発展します。
足利義満死亡後の扱い
その後、1408年（応永15年）、足利義満が死亡したことにより、将軍足利義持が北山殿に入りましたが、翌1409年（応永16年）に北山殿を出て三条坊門第に移っています。
その後、北山殿は、足利義満の妻である北山院日野康子の御所となっていましたたが、1419年（応永26年）11月に北山院が死亡すると、舎利殿以外の寝殿等は解体され、南禅寺や建仁寺に寄贈されています。
鹿苑寺という寺になる
山荘から禅寺に
北山院の死亡により主を失った北山殿は、1420年（応永27年）、足利義満の遺言に従い、夢窓疎石を勧請開山（名目上の開山・初代住職）として禅寺とされ、足利義満の法号「鹿苑院殿」から二字をとって鹿苑寺と名付けられました。
足利義満の孫である室町幕府8代将軍足利義政はたびたび鹿苑寺に参詣し、金閣にも上っていることが記録に残されています。なお、室町幕府8代将軍足利義政は、祖父の義満が建てた舎利殿に倣い、造営中の東山山荘に観音殿（近世以降銀閣と通称される）を建てており、この銀閣（慈照寺観音殿）、飛雲閣（西本願寺）と併せて「京の三閣」と呼ばれています。
応仁の乱による荒廃とその後の再建
もっとも、応仁の乱の際、鹿苑寺が西軍の陣とされたため、多くの建築物が消失し、舎利殿（金閣）そのものは残ったものの、二層に安置されていた観音像と三層に安置されていた阿弥陀如来と二十五菩薩の像本体は失われたと伝わっています。また、境内も荒らされ、庭の楓樹の大半が乱の最中に伐られ、池の水量も減ったとされています。
その後、江戸時代に主要な建物が再建され、舎利殿も慶安2年（1649年）に大修理されました。
明治維新後の廃仏毀釈により、寺領の多くが返上されて経済的基盤を失ったものの、1894年（明治27年）、当時の十二世住職貫宗承一によって庭園及び金閣を一般に公開すると共に拝観料を徴収して寺収入を確保し、現在まで維持されています。
舎利殿（金閣寺）放火と再建
舎利殿（金閣）は、室町時代前期の北山文化を代表する建築として往時の姿を残していましたが、1950年（昭和25年）7月2日、放火によって内部に安置されていた国宝足利義満坐像、伝運慶作の観世音菩薩像、春日仏師作の夢窓疎石像等10体の木像等と共に消失しています。
この事件は三島由紀夫の小説『金閣寺』、水上勉の小説『五番町夕霧楼』・『金閣炎上』の題材にもなっています。
なお、舎利殿（金閣）の頂上にあった鳳凰及び「究竟頂」の額は火災以前に取り外されていたため、焼失を免れて現存しています。
その後、舎利殿（金閣）は、1955年（昭和30年）に再建され、1994年（平成6年）12月、にユネスコの世界遺産（文化遺産）「古都京都の文化財」の構成資産に登録され、1996年（昭和61年）の昭和大修復を経て、現在の姿となっています。
金閣寺の現在の境内
以上のとおり、金閣寺（鹿苑寺）の歴史の概略を確認した上で、いよいよ現在の金閣寺の境内を見ていきましょう。
総門
まずは、金閣寺の入り口である総門から。
ここは、まだ拝観料を支払う手前に潜ります。
庫裡
舎利殿（金閣）
舎利殿（金閣）は、その名の通り、舎利（お釈迦様のお骨）をお祀りするための建物です。
舎利殿（金閣）は、1398年（応永5年）完成の消失前のものと、1955年（昭和30年）に再建されたものとでは細部に違いがあります。
もっとも顕著な相違は、焼失前舎利殿は三層のみに金箔が残り、二層には全く金箔が残っていなかったものの、再建舎利殿には二層外壁にも金箔が張られていることです。
また、焼失前の金閣では二層の東面と西面の中央に連子窓が設けられていたのですが、再建金閣では二層の東・西面はすべて壁となっているところも相違点です。
舎利殿（金閣）は、木造3階建ての楼閣建築で、初層と二層の間には屋根の出を作らないため、形式的には「二重三階」となっており、建物の内部は三層に分かれており、第一層は公家風の寝殿造り、第二層は鎌倉時代の書院造風、第三層は禅宗様仏堂風の造りので、異なる三つの様式を組み合わせた建築となっています。
初層は金箔を張らず素木仕上げとし、二層と三層の外面（高欄を含む）は漆の上から純金の箔が張ってあり、三層は内部も全面金箔が張られています。
なお、造営当時は舎利殿の周りにいくつか建物が作られ、舎利殿の北に作られた天鏡閣といわれる建物とは、双方の二階で橋がかけられ廊下で往来が出来たとのことですが、天鏡閣は現存していませんので、往時の姿を見ることはできません。
方丈
1678年（延宝6年）、後水尾天皇の寄進によって再興された本堂に相当する単層入母屋造桟瓦葺の建物です。
2005年（平成17年）から解体修理が行われ、2007年（平成19年）に修復工事を終えています。
陸舟（りくしゅう）の松
方丈北側にあり、600年前に足利義満の盆栽であったものを、足利義満自ら手植えしたと伝えられる舟形をした松です。京都三松の一つ。
大書院
江戸中期（貞享年間）の建築。伊藤若冲の障壁画（襖絵）で知られていましたが、保存上の問題から承天閣美術館に移管され（下記文化財の項を参照）、現在は加藤東一によって「淡墨桜図」「大杉図」「日輪図」「月輪図」「鵜之図」「臥竜梅図」「千鳥図」「若竹図」等が描かれています。
庭園
金閣を水面に映す鏡湖池を中心とする池泉回遊式庭園で、国の特別史跡・特別名勝に指定されています。
鏡湖池には葦原島、鶴島、亀島などの大小の島々のほか、当時の諸大名が競って献上したためにその名がついたとされる畠山石、赤松石、細川石などの奇岩名石が数多く配されています。
また，北側の池である安民沢には白蛇の塚があり，その南には龍門滝があり、鯉が滝を登ると龍になると言われる中国の故事「登龍門」にちなんだ鯉魚石が置かれています。
銀河泉（ぎんがせん）
足利義満がお茶の水に使ったと伝えられる泉です。
巌下水（がんかすい）
足利義満が手洗いに用いたと伝えられる泉です。
夕佳亭（せっかてい）
寄棟造茅葺、三畳敷の席に勝手と土間からなる主屋に、切妻造こけら葺で二畳敷の鳳棲楼と呼ばれる上段の間が連なった茶室です。
ここから眺めると舎利殿（金閣）が夕日に美しく映えることから、夕佳亭（せっかてい）の名がつけられたと言われています。
明治初年に焼失し、1874年（明治7年）に再建され，1997年（平成9年）に解体修理が行われています。
不動堂
境内に現存する最も古い建物で、天正年間に宇喜多秀家が再建したとされています。
不動堂に祀られる本尊は、空海（弘法大師）作と伝えられる石不動明王で、霊験あらたかな秘仏として江戸期から広く庶民信仰の対象となっていました。節分と8月16日に開廟法要が営まれます。